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EM菌（Effective Microorganisms）是由大约80种微生物组成，EM菌由日本琉球大学的比嘉照夫教授1982年研讨成功，于80年代投入市场。EM菌是以光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌为主的10个属 80余个微生物复合而成的一 种微生活菌制剂。作用机理是构成EM菌和病原微生物抢夺养分的竞争，由于em菌在土壤中极易生计繁衍，所以能较快而稳定地占有土壤中的生态地位，构成有利的微生物菌的优势群落，然后控制病原微生物的繁衍和对作物的侵袭。是生态农业的发展方向，更有利于农业的可持续发展。80年代末90年代初,EM菌已被日本、泰国、巴西、美国、印度尼西亚、斯里兰卡等国广泛应用于农业、养殖、种植、环保等领域，取得了明显的经济效益和生态效益。
1、光合菌群（好氧型和厌氧型）。如光合细菌和蓝藻类。归于独立养分微生物 ，菌体自身含60%以上的蛋白质，且富含多种维生素，还含有辅酶Q10、抗病毒物质和促成长因子；它以土壤承受的光和热为动力，将土壤中的硫氢和碳氢化合物中的氢分离出来，变有害物质为无害物质，并以植物根部的分泌物、土壤中的有机物、有害气体（硫化氢等）及二氧化碳、氮等为基质，组成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理活性物质等，是肥美土壤和促进动植物成长的主要力量。光合菌群的代谢物质能够被植物直接吸收，还能够成为其它微生物繁衍的养分。光合细菌假如增殖，其它的有利微生物也会增殖。例如：VA菌根菌以光合菌分泌的氨基酸为食饵 ，它既能溶解不溶性磷，又能与固氮菌共生，使其固氮才能成倍进步。
2、乳酸菌群（厌氧型）。以嗜酸乳杆菌为主导。它靠吸取光合细菌、酵母菌发生的糖类构成乳酸。乳酸具有很强的灭菌才能，能有效按捺有害微生物的活动和有机物的急剧糜烂分化。乳酸菌能够分化在常态下不易分化的木质素和纤维素，并使有机物发酵分化。乳酸菌还能够按捺连作妨碍发生的致病菌增殖。致病菌活跃，有害线虫会急剧增加，植物就会虚弱，乳酸菌按捺了致病菌，有害线虫便会逐步消失。
3、酵母菌群（兼性厌氧型）。它使用植物根部发生的分泌物、光合菌组成的氨基酸、糖类及其它有机物质发生发酵力，组成促进根系成长及细胞分裂的活性化物质。酵母菌在EM原露中对于促进其它有效微生物（如乳酸菌、放线菌）增殖所需要的基质（食物）供给重要的给养保障。此外，酵母菌发生的单细胞蛋白是动物不可短少的养分。
